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如果您遭到拼多多商家的恶意短信骚扰，可以采取以下措施。
1、收集证据：保留商家发送的骚扰短信，作为日后维权的证据。
2、举报投诉：
通过拼多多平台投诉：登录拼多多官网或APP，找到客服或投诉入口，详细说明商家骚扰的情况并提供证据。
向电信运营商投诉：如果骚扰短信严重干扰了您的正常生活，可以向当地的电信运营商投诉，请求他们协助处理。
向消费者权益保护机构投诉：还可以向当地的消费者权益保护机构投诉，他们将会对此进行调查和处理。
3、报警：如果骚扰情况严重，比如商家恶意泄露您的个人信息、恐吓威胁等，可以考虑报警处理。
4、寻求法律帮助：如果商家的骚扰行为造成了实际损失，可以咨询律师，寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
在处理此类问题时，建议保持冷静，不要与商家直接发生冲突，也要注意保护自己的个人信息和隐私，避免泄露给不必要的第三方。